Aos 24 anos, José Carlos Ferreira Júnior atua pela primeira vez em um clube nordestino e no quarto time de sua carreira. Ele foi revelado pelo Coritiba, onde ganhou destaque nacional pelas boas atuações e versatilidade de atuar tanto como zagueiro quanto lateral esquerdo.
O defensor assinou contrato com o Tricolor até 2022.
Juninho foi comprado pelo Palmeiras no meio de 2017 e realizou 22 jogos no segundo semestre.
No ano seguinte foi emprestado para o Atlético-MG e, nesta temporada, retornou ao clube paulista.
Pelo Bahia, fez bela dupla de zaga com Lucas Fonseca no Brasileirão de 2019, ganhando destaque. Disputou 27 partidas na competição, ficando 10 delas sem sofrer gol e marcando um tento, contra o Internacional.